新（ノイエ）ナチス編
これ以上、コズミ博士に迷惑を掛ける事を恐れた００メンバーと博士は、そこから出るという事を決意した。その前に、友人のドルフィン教授に会いに行った所、新ナチスと名乗る組織にドルフィン教授を攫われたしまう。
娘のシンシアも狙われるが、組織の目的を得る為にワザと攫わせ、北極に向かう。新ナチスは、シンシアを盾にドルフィン教授に研究を完成させることを強要し、完成させる。その研究（マッドマシン）で、九死に一生を得るが、新ナチスが黒い幽霊だと解り、倒す。
高い城の男編
ジョーとフランソワーズは買い物に行っている時に10人の子供達が誘拐されたという報道を耳にした。
潜水艦に戻ると見慣れない子供がいたが、その子の正体は００７でいつも年寄りとバカにされるので子供に改造したらしい。
身代金の引き渡し場所に向かったジョー達であったが、一味のいる場所までいったが、そのボスは超能力者で万事休すかと思ったが００１が目を覚ましボスを倒し、子供達も無事助けることができた。
真空戦争
日本にいるはずの００ナンバーサイボーグに会うために向かったヤマザキ博士だが、乗っていた飛行機を墜落されてしまう。しかし、ヤマザキ博士は自身が作ったアンドロイド（ＪＱ）によって救われギルモア博士と００ナンバーサイボーグに会う。
ミサイル基地衛星を壊すために奇岩島に行くことになったが場所が解らず、黒い幽霊の配下のイルカを捕らえ場所を吐かせた。
運よく島を破壊しロケットに乗り衛星基地を壊したが、探知されたために攻撃を受けＪＱと二手に別れて迎撃した。００ナンバーサイボーグの方はケリを付け基地の方はＪＱが体をバラバラにして壊した。彼の体には爆弾になっていたのであった。
深海の放浪者編
潜水艦で移動している時に、黒い幽霊の生物兵器に襲われるが、００１の能力により、危機を脱出。
