基地を破壊した後は、コズミ博士を頼り００９の故国である、日本で匿われる。そこで追手（００10と００11）と戦い。退ける。
偽の電報で呼び出されたコズミ博士は、黒い幽霊（ブラックゴースト）に攫われた。攫った一人を捕らえ、尋問するとある住所を聞かされる。そこで００９は一人でその屋敷に潜入するが、罠にかかり絶体絶命のピンチに会うが、追いかけてきた００４と００７のおかげでピンチを脱する。
屋敷の中を散策しているうちに、その屋敷（００12）が一つのサイボーグである事がわかり、ここにはもう博士が捕らえられていないことが分かり、倒してそこから脱出。
東京に向かったということが解った００９は、不良時代の仲間の鼻傷のヤスに会い服を借りようと思った。そこで一人の少年に会う。
しかし、その少年こそがサイボーグ００13であった。しかし、少年は００９に親切にされた事から黒い幽霊を裏切り、コズミ博士を解放してくれた。その直後、黒い幽霊に爆破されてしまう。
