００９と００２は、成層圏に突入し燃え尽きる前に００１のテレポートにより、救出され、回復した。
　ある日、００９と００３はドライブ中に丸角八郎という気が狂った若者に会う。彼は一瞬正気を取り戻すが、すぐにまた気が狂ってしまう。
　ニュースで脱獄犯の一味であることが解った００９達は、ショック療法で情報を得るがすぐにまた気が狂ってしまう。
　情報を元に潜入したが逃げられてしまう。それを追って行った００７は大やけどを負って帰ってくるが、研究所が燃やされてしまう。
　怪物島に潜入するが、巨人、巨魚などの巣窟であったが、あっさり捨てていく。
　テレビで中東で黒い幽霊が暗躍しているという事で、怪物島を爆破し、朝顔型円盤で中東に向かう事にした。

　００２とギルモア博士が囚われ、００４はビーナを連れて脱出した。そこで、催眠術にかかった００９達と遭遇したが攻撃を受けてしまう。
　００２達はヘレンの妹達に救われ、脱出。船に乗った００９は攻撃を受けるが００１によって催眠状態から回避。ヘレンも記憶を取り戻していた。逆に００４が捕まり処刑寸前の所を駆け付けた００９によって助けられた。
　敵の手に渡ったギルモア博士とヘレン、ビーナの二人の交換条件を出し応じるが、ヘレン達は殺されてしまう。必死に手を伸ばすヘレンに助けられて００９はバン・ボグートに勝つ。
　魔神が飛び出し、熱線でやられる時に、００１が目を覚ます。そして安全な所までテレポートで運ばれるが、００９だけが魔神像の中に送られ破壊する。
　助けにきた００２と一緒に成層圏に突入する。
　その時、地上では姉と弟が流れ星を見て、「世界に戦争がなくなりますように」と祈っていた。