潜水艦を奪い脱出しようとするビイだったが、海底人の妨害にあった。ミサイルで周りを攻撃をしたが、妨害電波は切れなかった。王妃を人質にしてビイと合流した００９は、地上人達との交換条件に出した。
　交換条件を飲んだ海底人達は全ての地上人を返した。船に乗りビイは００９に妨害電波を破壊して欲しいと頼んで来たが破壊されるとすぐに００９を置いて出て行ってしまう。その直後に海底火山が噴火した。
　海上に出たビイは、船の上に人質を並べて殺そうとしたが、間一髪生き残った海底人と一緒に地上に来た、００９が阻止し、ビイをやっつけた。海底人たちは再び海底に戻って行った。

　ある日、００９と００７はスキーを楽しんでいたが、猿人が他の猿人に殺される所を目撃する。他に猿人を追いかけて行ったら、天使が現れ００７が連れ去られた。
　他のメンバーを呼び再び調査に行ったが、一人の猿人に話しかけられた。その猿人は００７だったのだ。
　研究所に帰り、話し合いをして、かなわないかもしれないがレジスタンスをしようという決着についた。そして、天使達の攻撃が始まった。

移民編
　００９とリナの捕虜交換に来た００３と司令官は、未来人たちの裏切りに会う。そこで、００９は中に入ろうとして外壁に穴を開け中に入り、未来人達を叱責している時に長周期のタイムワープが出来るようになったという報告を受ける。そして、００９と００３は司令官の遠いご先祖だという言葉を残して過去に旅立って行った。

ローレライの歌編
　ある日、ギルモア博士の元にドイツに帰っている００４から、超音波遮断装置を作って欲しいという依頼があり、完成した物を持って００９は００４の元に訪れた。ある村に辿り着くと馬に乗った騎士が村人を襲っているのが見えた。００９は先回りをし古城に潜入した。そこで、その騎士（シモーヌ・ローレライ）は昔ここで魔女というレッテル貼られ、母や祖母を焼き殺され、そして自身は石をぶつけられ片目を失明した為に魔女となり復讐をする話を盗み聞きをした。見つかった００９は、何とか説得を試みるが騎士の意思は固く、００９を殺そうとしてきた。しかし、娘のロミイは００９を脱出させ、母親と心中を図った。

海の底編
　原子力潜水艦の謎の失踪を単身で調査していた００９は、国籍不明の潜水艦に捕らえられてしまうが、何者かに攻撃を受け、００９ともう一人（ビイ）以外みんな亡くなってしまう。潜水艦の外に出ると攻撃を受けるが、何とか逃げ出すが娘（ロビン）に匿われ、自宅に連れていかれ父親（エドモント・オブライエン）から彼らは海底人で、自分と同じように地上人達が連れて来られ働かせれているという話を聞かされる。脱出計画を練り、ビイと別行動をすることになり、ビイは潜水艦を奪い地上に戻ろうとする中、００９とロビンは海底人の妃に遭遇する。

　助け出した男の中には、毒虫と爆弾が仕込まれていたので、外に出したら大きなサソリがいた。そこに男が当たり爆発して朝顔型円盤は倒れてしまった。大きなサソリを倒したが朝顔型円盤は動かなくなり、そこから先は徒歩で歩くしかなかった。
　暫く歩いていると遺跡があり、そこには盗賊団のアジトになっていた。盗賊団を追い払うとそこには、考古学者のドロイタ・モウと娘のクリシータが捕らわれた。
　モーゼと名乗る人物が放電杖を使うと遺跡の壁が崩れて、ドロイタ・モウが巻き添えになってしまった。モーゼ自身もその後の像も投影による幻で、それを映し出している者がいると００３の透視能力で解り００９と００２はそれを追いかけて行ってしまうが、モーゼに囚われてしまう。
　男女の脳が移植されたヒトコブラクダの案内で、００４、００６、００７は洞穴みたいな所に入っていくが、冷凍ロボットにより凍ってしまう。
　残った００３達は巨人達の攻撃に合って、大ピンチにあうが間一髪目が覚めた００１により、九死に一生を得るが、モーゼによってテレパシーの妨害電波を出されてしまうが、呼びかけに応じた００９によって、機械を全て壊され、００４達も解かされる。そして絶対零度にして、逆にモーゼを凍らせてしまう。

　００７は店じまいをしている時に交通事故を目撃をする。店に入れ、救急箱と救急車を呼んでいる間にその二人はいなくなってしまう。義手とペンダントを残して。
　００９と一緒にギルモア研究所に行って帰ってきたら、女の子（リナ）は店を襲ってきたので捕らえられるが、埒があかずに解放する。リナがアパートに戻ると黒服の男によって、一緒にいた男の方は殺されてしまう。
　その男達は店を襲うが、殴ると体の一部分が欠落した男達であり、円盤で何処かに逃げてしまった。
　小笠原開発公団の人間が謎の行方不明になっていた。リナに自分達は、未来人だと告げられ、移民するためにやってきたと聞かされた００９達は何とか阻止するためにやってきた。
　捕らえられた００９とリナの捕虜交換を持ち掛けられ、００３が硫黄島にやってきた。